A partire dal 1800, Fichte assume in politica una configurazione notevolmente diversa. I presupposti giusnaturalistici arretrano sullo sfondo, mentre emergono sempre più evidentemente le convinzioni organicistiche. Per organicismo politico si intende una dottrina che, estendendo all' ambito politico categorie proprie del mondo naturale, considera la società e lo Stato come "organismi", nei quali le parti esistono soltanto in funzione del tutto. L' organicismo si oppone pertanto essenzialmente al giusnaturismo, sia perchè concepisce la società come una totalità organica di membri anzichè un aggregato meccanico di individui indipendenti, sia perchè afferma la priorità del tutto sulle parti anzichè sostenere il valore incondizionato dell' individualità. La svolta del pensiero politico di Fichte è già chiaramente percepibile nello Stato commerciale chiuso del 1800, nel quale il modello organicistico diventa una categoria politica indispensabile per comprendere la struttura e le funzioni dello Stato. L' idea
fondamentale è che lo "il compito dello Stato è prima di tutto di dare a ciascuno il suo, immettendolo nella proprietà, e poi proteggervelo". In questo caso le funzioni dello stato non sono solo giuridiche, ma anche economiche. La concezione negativa e liberale dello Stato di diritto, che Fichte condivideva negli anni Novanta, è sostituita da
quella positiva di un organismo politico preposto alla pianificazione globale dell' economia nazionale. Le funzioni primarie dello Stato sono quindi : la divisione della popolazione in tre ceti fondamentali destinati a diverse attività economiche, il controllo del numero degli appartamenti a ciascun ceto, la garanzia dell' equilibrio
tra i diversi settori della produzione, la determinazione del prezzo delle merci. Per realizzare questa serie di equilibri, Fichte ritiene indispensabile imporre lo Stato commerciale chiuso , nel quale le interferenze degli altri Stati sull' economia nazionale sono escluse con la proibizione di ogni commercio privato con l' estero e con la riduzione al minimo di quello pubblico. Nei Tratti fondamentali dell' età presente (1806), la tendenza organicistica di Fichte riceve un fondamento metafisico, oltrechè economico-politico, in armonia con i nuovi sviluppi della dottrina della scienza. Lo Stato è costituito dall' insieme, necessariamente finito, degli individui che lo compongono.
Ma visto che in esso le forze dei singoli sono rivolte a uno scopo comune, lo Stato non è un semplice aggregato di individui, ma una totalità unitaria, ancorchè relativa. In questo modo, la totalità relativa dello Stato diventa immagine della totalità assoluta: sul piano sensibile quest' ultima è rappresentata dall' umanità intera: sul piano intellegibile, da quel Sapere assoluto che nella dottrina della scienza costituisce l' aspetto conoscibile di Dio. Essendo espressione di totalita, lo Stato comporta la completa subordinazioe dei fini individuali a quelli generali : L' individualismo giusnaturalistico, per il quale l' apparato statale esiste solo in funzione dell' individuo, è completamente rovesciato nel suo opposto. Inoltre, sempre in quanto immagine della totalità assoluta, lo Stato si prefigge la stessa finalità dell' intero genere umano, la realizzazione della cultura, che nella sua fase giusnaturalistica Fichte aveva demandato invece alla società naturale. L' iniziale antistatalismo fichtiano si capovolge nel riconoscimento del valore assoluto dello Stato.
Nei Discorsi alla Nazione tedesca , proferiti nell' inverno 1807-8 in una Berlino occupata dalle truppe napoleoniche, l' organicismo politico di Fichte viene applicato, anzichè alla nozione di Stato, al concetto di nazione, che la cultura romantica aveva recentemente introdotto. Fichte si rende conto di quanto la Germania oppressa Napoleone, sia debole politicamente e militarmente, e indica come sola possibilità il risorgimento civile il ricorso a una nuova educazione nazionale, fondata sul superamento dell' egoismo e dell' individualismo a favore di un rinnovato senso della comunità. In questo modo, l' organizzazione politica e culturale della nazione diventa
un' immagine fenomenica dell' ordine morale soprasensibile e di Dio stesso. Soltanto i tedeschi (nei quali Fichte comprende tutti i ceppi germanici) possono tuttavia ricevere la nuova educazione nazionale, dal momento che essi sono i soli a parlare una lingua originaria (o "viva"), nella quale si è conservata una spontanea corrispondenza tra i termini e la realtà che essi designano, mentre nelle lingue neolatine (che Fichte chiama "morte") la correlazione tra termine e cosa significata è ormai stereotipata, convenzionale , astratta. Alla vitalità della lingua tedesca fa riscontro quella del popolo che la parla. Il solo ormai in grado di trovare una perfetta corrispondenza tra pensiero e azione, il solo capace di subordinare gli interessi individuali a quelli generali . Per questo i tedeschi sono l' unico popolo nel vero senso della parola, inteso come unità sincronica degli individui nella società nazionale e come unità diacronica delle generazioni nello sviluppo storico. Pur essendo divisi in una miriade di Stati, i tedeschi sono una sola nazione culturalmente ed idealmente. Solamente essi, per quanto di fatto in catene, hanno il senso della libertà dal momento che sono capaci di avere fede nell'illimitato, nell'infinito, nella vita universale che é immagine di Dio. Nella sua ultima importantissima opera politica, la Dottrina dello Stato del 1813, Fichte congiunge infine le nozioni, prima usate distintamente, di Stato e di nazione. Egli infatti auspica un organismo politico in cui il compito specifico dello Stato (un'attività di organizzazione totale, che determini l'intera vita politica, sociale ed economica della comunità) non si realizzi più tramite strumenti coercitivi, ma attraverso quella spontanea ed amorosa fusione dell'individuo nella totalità che deve caratterizzare la vita della nazione. Questo organismo politico, che Fichte chiama Reich (impero), é uno Stato di ragione , visto che la sua organizzazione non é altro che la realkizzazione politica di una volontà assolutamente razionale, e uno Stato etico visto che nella partecipazione ad esso l'individuo realizza almeno gli aspetti visibili e fenomenici della sua destinazione morale.